Nastanak Instituta se vezuje za dve naučne ustanove osnovane u okviru Srpske akademije nauka 1947.god. i to Instituta za ekologiju i biogeografiju i Instituta za fiziologiju razvića, genetiku i selekciju.
Primarni zadatak Instituta bio je da okupi što širi krug istraživača, uključujući kadar sa odgovarajućih fakulteta Univerziteta u Beogradu. Tako je ova ustanova od samog osnivanja bila središte naučne misli i snažan centar naučnih snaga i kadrovske moći u biologiji.
Odlukom Izvršnog veća Narodne Republike Srbije ova dva Instituta su 1956. god. spojena u Biološki institut, kao odraz potrebe za uskladjivanjem i integracijom naučne delatnosti u oblasti biologije.
Od samog osnivanja Institut je okupio značajan broj univerzitetskih nastavnika, medju kojima su mnogi bili pioniri istraživanja u pojedinim oblastima.
U temelje Instituta je tokom pola veka ugradjen rad saradnika Biološkog fakulteta, kao i mnogih uglednih profesora drugih fakulteta Beogradskog univerziteta.
Izgradnjom nove zgrade 1967. god. omogućeno je okupljanje naučnoistraživačkog kadra i opreme i Institut u tom periodu dobija svoju definitivnu fizionomiju, koja se sa manjim modifikacijama održala do danas.
U ovom periodu akademik Radoslav Anđus, kao dugogodišnji direktor, daje veliki doprinos razvoju Instituta.